1989年，國家工商行政管理局商標局認定同仁堂為馳名商標，受國家保護。仁堂”商標是中國大陸第一個在馬德里申請國際注冊的商標，也是中國大陸第一個在臺灣申請注冊的商標。

2006年12月，同仁堂被商務部認定為第一批“中國老字號”。

“同仁堂”商標的設計意圖:在歷史文化悠久的中國，龍是至高無上的象征。同仁堂藥業(yè)有限公司數百年的精髓和特色是:配方獨特、材料精良、工藝精湛、療效顯著。在國內外醫(yī)藥市場上享有良好的聲譽。商標使用兩條龍，象征著悠久的中醫(yī)文化歷史。仁堂”作為主要設計是藥品質量的象征。商標志表明北京同仁堂是國寶。應該在繼承傳統(tǒng)醫(yī)學特點的基礎上，利用現(xiàn)代科學技術開發(fā)更多造福人民的新藥。