1.自愿原則

《民事訴訟法》第八十五條規(guī)定，人民法院審理民事案件，根據(jù)當事人自愿原則進行調解。十八條規(guī)定，調解達成協(xié)議，必須雙方自愿，不得強迫。以上規(guī)定，自愿原則，首先是程序上的自愿，商標糾紛案件進行調解，必須是雙方當事人申請調解，或者一方當事人申請調解，另一方當事人同意調解，必須是雙方當事人都自愿接受以調解的方式解決爭議。一方或雙方當事人經勸說仍不同意調解，法院則不能強行調解，而只能進行審判。民事訴訟法賦予當事人在程序上的訴訟權利。人有權申請或接受調解，也有權拒絕調解；法院審判人員必須尊重并保障當事人自由行使這些訴訟權利。是實體上的自愿，即是審判人員主持下，雙方當事人進行協(xié)商時，當事人對自己認為是應有的合法實體權益，是否處分以及處分多少，即讓不讓步以及讓步多少，也必須完全出于當事人真正自愿，任何人包括主持調解的審判人員都不得強迫或者施加壓力迫使當事人在實體權益上讓步，或者迫使其讓多少。民事實體法和民事訴訟法賦予當事人的權利，必須得到尊重和保障。一方或雙方當事人拒絕在實體權益上讓步，未能協(xié)商一致，達不成調解協(xié)議,則應采取審判方式，依法判決，而不能強行調解或久調不決。

2.查明事實、分清是非原則

《民事訴訟法》第八十五條規(guī)定，法院審理民事案件根據(jù)當事人自愿的原則，在事實清楚的基礎上，分清是非，進行調解，這是法院調解查明事實、分清是非原則的法律依據(jù)。調解是法院行使國家審判權，依法審理解決民事案件的一種方式，必須貫徹以事實為根據(jù)的法制原則，不能在事實未審明，是非責任不分清的情況下“和稀泥”。在查明了當事人之間商標糾紛的事實和發(fā)生爭議的原因、經過與爭執(zhí)的焦點，才能有針對性地進行調解工作。

3.合法原則

《民事訴訟法》第八十八條規(guī)定，調解協(xié)議的內容不得違反法律規(guī)定。法院調解的合法原則的法律依據(jù)之一。調解和法院判決一樣是訴訟活動，是法院審理民事案件的一種形式和方法。法院調解必須以法律為準繩，不得違反法律規(guī)定。商標法》及其實施條例，以及有關行政解釋、司法解釋等實體法律規(guī)范，既是正確判決商標糾紛案件的準繩，也是正確調解商標糾紛案件的推繩。人協(xié)商達成的協(xié)議，必須符合國家有關實體法律、法規(guī)的規(guī)定。法院有權而且必須對當事人達成的協(xié)議內容進行審查。違反法律規(guī)定，不損害他人的利益的，也即合法的調解協(xié)議，應予以確認。不予批準，調解不能成立。

為了保障調解協(xié)議的內容不違反實體法律規(guī)定，自然要求法院調解在程序上也不得違反程序法，法院調解的組織、步驟、方法等必須符合民事訴訟法的有關規(guī)定，程序上的合法，是實體上合法的保障。法院調解違反法定程序，例如，違背當事人自愿原則，強迫調解，強迫達成調解協(xié)議的，當事人有權申請再審。查屬實的，法院應當再審。